結果の表示

RからBUGSソフトウェアを動かすのスクリプトを入力すると、次のような計算プロセスが表示され、postに計算結果が格納されます。

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Compiling rjags model...
Calling the simulation using the rjags method...
Adapting the model for 100 iterations...
|++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++| 100%
Burning in the model for 500 iterations...
|**************************************************| 100%
Running the model for 1500 iterations...
|**************************************************| 100%
Simulation complete
Calculating summary statistics...
Calculating the Gelman-Rubin statistic for 2 variables....
Finished running the simulation

次のコードを入力し、結果を確認します。

summary(post)
        Lower95    Median   Upper95     psrf
alpha -0.02896274 0.1647402 0.3390248 1.001341
beta   0.63089605 0.7559828 0.9100826 1.001867

Medianが推定結果の中央値で、Lower95とUpper95がいわゆる95%信用区間(CI)と呼ばれるものです(“信頼”区間ではない;意味が異なるので注意)。先の真の値(alpha = 0.1, beta = 0.8)と比べると、いずれ真の値も95%CIに含まれていることが分かります。また、これらの推定結果と合わせて、psrfというものも表示されていますが、これはパラメーターの推定値が十分収束しているかどうかを判定するための値(Gelman-Rubin statistics、もしくはR-hatと呼ばれる)です。この値が1.1を上回る場合は推定値が十分に収束していないので、run.jagas関数のburnin、sample、thinの値を適宜調整し、信頼できる推定値を得る必要があります。

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