ベイズ統計とBUGS

ベイズ統計、と聞くとなにやらすべてが新しいものに聞こえますが、扱うモデルの「構造」自体は大きく変わりません(線形回帰、ANOVAなど)。ただし、回帰係数のような“パラメーター”を推定する過程が大きく異なっており、ベイズ統計の実装には数値計算が必要です(頻度主義では必ずしも必要ない)。数値計算はRでもできないことはないのですが、その効率は非常に悪く、なにより自分で煩雑なプログラムを書く必要があります。

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そこで、BUGSソフトウェアの登場です。BUGSとはBayesian inference Using Gibbs Samplerの略で、ギブスサンプリングによるベイズ統計の実装を指します。このギブスサンプリングを実行してくれるのがWinBUGSをはじめとするBUGSソフトウェアで、Rから動かすことができます。そのため、昨今のベイズ統計を用いた研究では、RとBUGSソフトウェアの連携が一般的な手法になっています。なお、WinBUGSのほかにも、OpenBUGSとJAGS(Stanもベイズ実装のためのソフトですが、ギブスサンプリングではない)があります。WinBUGSは開発が終了していますが、OpenBUGSとJAGSは最新バージョンが随時ネット上でダウンロードできるようになっており、計算効率もそれらのほうがより良いものとなりつつあります。ここでは、BUGの中ではもっともクラッシュしにくいJAGSについて解説します。

JAGSのダウンロードは次のページから可能です(JAGS)。ダウンロードはProgram files(デフォルト)もしくはCドライブ直下がお勧めです。

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